Powieść składa się z trzech przeplatających się wątków – opowieści o szatanie odwiedzającym Moskwę w latach 30. XX wieku, historii pisarza nazywanego Mistrzem i jego miłości do Małgorzaty Nikołajewny oraz opowieści o spotkaniu Piłata i Jezusa, nazywanego w powieści Jeszuą.